این شرکت در سال ۱۹۸۴توسط زوجی به نام خانم سندی لرنر و همسرش لئونارد بزاک تأسیس شد.در واقع اسم و لوگوی برند سیسکو برگرفته از نام شهر San Francisco (سانفرانسیسکو) و نیز پل تاریخی Golden Gate واقع دراین شهر می باشد.

ویلیام یاگر که یکی از کارمندان سابق سیسکو بود ، نرم‌افزار اولیه روترهای دارای چند پروتکل را نوشته است. پس از ویلیام یاگر؛ بزاک کار نیمه تمام او را به اتمام رساند و نرم افزار را تکمیل کرد. در آن دوره سیسکو (Cisco) اولین شرکتی نبود که به طراحی و تولید روتر مشغول بود ، اما توانست نخستین شرکتی باشد که موفق شد  یک روتر با چندین پروتکل تولید کند تا بتواند میان پروتکل های مختلف شبکه ارتباط برقرار کند.

تبدیل شدن پروتکل اینترنت (IP) به یک استاندارد موجب کاهش اهمیت روترهای چند پروتکل شد. در سال ۱۹۹۰، برند سیسکو توانست به سهامی عام تبدیل شود و سهامش را در بازار بورس نزدک عرضه کند. اما پس از مدتی بزاک و لرنر با ارزش سهام 170 میلیون دلار از شرکت خارج شدند و از یکدیگر جدا شدند.

سال ۱۹۹۹ سیسکو، شرکت Cerent در کالیفرنیا را به ارزش ۷ میلیارد دلار خریداری نمود. این شرکت در آن بازه زمانی جزو گرانترین خریدهای سیسکو به حساب می آمد. تنها خریدی که گرانتر از آن بود مربوط به ساینتیفیک آتلانتا می‌باشد.